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Très tôt, le canton de Vaud s'est préoccupé de l'hygiène hospitalière. A la fin des années 60 fut créé un poste de médecin-adjoint au Médecin cantonal pour l'hygiène hospitalière et les maladies transmissibles, et une organisation centralisée fut mise sur pied pour l’ensemble des établissements de soins du canton de Vaud. Au moment où le CHUV vit le jour en 1982, une Division autonome d'hygiène hospitalière (DAHH) fut créée, comprenant également un laboratoire pour les analyses microbiologiques liées à l'hygiène hospitalière. Le fait que son médecin-chef était à la fois le responsable de cette division et le médecin-adjoint au Médecin cantonal a eu pour résultat que la DAHH offrait des services à la fois au CHUV et aux autres établissements sanitaires du canton de Vaud. En 1985, une réorganisation s'opère. Au CHUV, la DAHH devient la Division Autonome de Médecine Préventive Hospitalière (DAMPH) et englobe à la fois l'hygiène hospitalière et la médecine du personnel du CHUV. Par ailleurs, il se crée une Unité d'hygiène hospitalière à la santé publique, dont la mission était de s'occuper de l'hygiène hospitalière de tous les établissements sanitaires du canton à l'exception du CHUV. Fin 1993, la DAMPH reçoit le mandat de la Santé Publique de mettre sur pied une formation continue dans le domaine de l’hygiène hospitalière pour l’ensemble du canton (Forums) et d’assurer un soutien en cas de problème. Depuis cette période, des mutations au sein de la Santé Publique se sont produites avec notamment la transformation de la « Police sanitaire » en « Division Qualité » et la mise en œuvre des Nouvelles Orientations de Politique Sanitaire (NOPS). Au plan légal, la qualité des soins est explicitement mentionnée dans la LAMal. Le Canton de Vaud s'est organisé en différents réseaux sanitaires. A l’occasion de la création de ces réseaux régionaux de soins coordonnés, le domaine de l’hygiène dite "hospitalière" doit s’étendre au-delà de l’hôpital, dans un concept global d’hygiène et prévention du contrôle de l’infection (HPCI) dans toutes les institutions de soins partenaires des réseaux. Les caractéristiques propres de ces partenaires de soins les distinguent clairement d’un hôpital de soins aigus, notamment en terme de besoins en hygiène et prévention de l’infection. C'est dans ce contexte que le Canton de Vaud a élaborer un programme cantonal et a décidé la création d'une Unité cantonale de coordination pour l'Hygiène, la Prévention et le Contrôle de l'Infection (HPCI), et a incité chaque réseau à créer une cellule HPCI permettant ainsi le développement d'un programme coordonné à l'échelle du Canton. Le médecin responsable de l'Unité cantonale de coordination HPCI est rattaché à la DAMPH qui est responsable de la pertinence scientifique du programme. En juin 2006, la Division autonome a été transformée en Service.
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