Typage moléculaire par séquençage complet de génome

Avec l'avancement des technologies des nouvelles générations de séquençage (next generation sequencing), il est devenu abordable de séquencer le génome complet des bactéries (whole genome sequencing, WGS) à des fins épidémiologiques (genomic epidemiology). Le pouvoir discriminant obtenu avec cette méthode est bien supérieur à ce qui était disponible avec des méthodes moléculaires standard, comme le PFGE (pulsed field gel electrophoresis) que nous avons utilisé pendant 20 ans dans notre laboratoire.

En principe, le WGS est applicable à n'importe quelle espèce de bactérie. N'hésitez pas à nous contacter si vous avez besoin d'une analyse, nous examinerons au cas par cas la possibilité de répondre à vos besoins à l'aide de cette nouvelle technologie.

Exemples d'application de l'épidémiologie génomique:

Whole-genome sequencing revealed independent emergence of vancomycin-resistant Enterococcus faecium causing sequential outbreaks over 3 years in a tertiary care hospital. Abdelbary MHH, Senn L, Greub G, Chaillou G, Moulin E, Blanc DS. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2019 Mar 19.

Hand soap contamination by Pseudomonas aeruginosa in a tertiary care hospital: no evidence of impact on patients. Blanc DS, Gomes Magalhaes B, Abdelbary M, Prod'hom G, Greub G, Wasserfallen JB, Genoud P, Zanetti G, Senn L. J Hosp Infect. 2016 May;93(1):63-7.

The Stealthy Superbug: the Role of Asymptomatic Enteric Carriage in Maintaining a Long-Term Hospital Outbreak of ST228 Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus. Senn L, Clerc O, Zanetti G, Basset P, Prod'hom G, Gordon NC, Sheppard AE, Crook DW, James R, Thorpe HA, Feil EJ, Blanc DS. MBio. 2016 Jan 19;7(1)